کووالنکو چندین بار برای ایران و تیمهای ایرانی قضاوت داشته است اما مهمترین و آخرین قضاوت‌هایش برای تیم ملی ایران چندان خوشایند نبوده است. ۱۸ نوامبر ۲۰۱۴ تیم ملی ایران در دیداری دوستانه به مصاف کره جنوبی رفت و موفق شد حریف خود را با تک گل سردار آزمون شکست دهد. کووالنکو در آن دیدار ۵ بار از کارت زرد خود استفاده کرد. پزمان منتظری، جواد نکونام و اشکان دژاگه اخطاری‌های ایران بودند.

چند ماه بعد و در اکتبر سال ۲۰۱۵ تیم ملی ایران در رقابت‌های مقدماتی جام جهانی ۲۰۱۸ به مصاف عمان رفت و در پایان با نتیجه یک بر یک متوقف شد. در آن مسابقه تک گل شاگردان کی روش توسط سید جلال حسینی وارد دروازه علی الحبسی شد.  مهدی طارمی و اشکان دژاگه اخطاری‌های ایران بودند و ۲ بازیکن عمان هم با کارت زرد داور ازبکستانی مواجه شدند.

در نهایت آخرین دیدار ایران با قضاوت کووالنکو چند روز قبل از آغاز رقابت های جام جهانی ۲۰۱۸ بود. وقتی که ملی‌پوشان در دیداری تدارکاتی به دیدار ترکیه رفتند و با نتیجه ۲ بر یک شکست خوردند. در آن دیدار تک گل ایران توسط اشکان دژاگه در دقیقه ۹۲ زده شد. این گل از روی نقطه پنالتی زده شد و مدافع ترکیه به دلیل خطای عمدی که با دست خود انجام داد از بازی اخراج شد. روزبه چشمی از ایران در آن مسابقه کارت زرد گرفت.

آخرین قضاوت کووالنکو برای تیم‌های ایرانی نیز به جدال ذوب آهن و النصر عربستان در چارچوب دور گروهی رقابت‌های لیگ قهرمانان آسیا برمی‌گردد که این دیدار با نتیجه بدون گل تمام شد و کووالنکو تنها یک بار از کارت زرد خود استفاده کرد. این داور ۴۴ ساله داور جدال دراماتیک پرسپولیس و السد در چارچوب دور برگشت مرحله نیمه نهایی رقابت‌های لیگ قهرمانان در سال ۲۰۱۸ نیز بود که با نتیجه یک بر یک به اتمام رسید و سرخپوشان به فینال رسیدند. کووالنکو در آن مسابقه نیز تنها یک کارت زرد داد.

حال باید دید در جدال بحرین و ایران نحوه قضاوت کووالنکو و کمک‌هایش به چه ترتیبی خواهد بود. این داور ازبکستانی اغلب کم کارت می‌دهد و خیلی سخت اخراج می‌کند.